মুজাহিদুল ইসলামের কর্মজীবনের শুরু হয় ১৯৯১ সালে দৈনিক নতুন বাংলাদেশ পত্রিকার মাধ্যমে। পরবর্তীতে তিনি দৈনিক ঈশান, দৈনিক কর্ণফুলীতে (১৯৯৭) কর্মরত ছিলেন। এছাড়াও তিনি চট্টগ্রাম সাংবাদিক ইউনিয়নের অর্থ সম্পাদকের (২০০১-২০২৪) দায়িত্ব পালন করেন। চট্টগ্রাম সাংবাদিক কো-অপারেটিভ হাউজিং সোসাইটি লিমিটেডের সদস্য ছাড়াও তিনি বিভিন্ন সামাজিক, ধর্মীয়, সাংস্কৃতিক সংগঠনের সাথে জড়িত রয়েছেন।